En 1817 un vecino de la zona, Pedro Palma, donó un terreno en Cruz de Piedra para levantar una capilla en honor a la Virgen de la Merced. El terremoto que azotó a la provincia en el año 1861 dejó en ruinas las tierras maipucinas; sin embargo, la imagen de la Virgen de la Merced que se ubicaba en aquella capilla sobrevivió intacta el desastre. De esta manera, es reconocida por el pueblo como la primera pobladora del nuevo pueblo que se levanta entre los escombros para renacer.

Dos vecinos del lugar tomaron un protagonismo único, se trata de José Alberto de Ozamis, quien ofreció a Fray Manuel Apolinario Vázquez, superior de la Merced en Mendoza, que se trasladara hacia Maipú para que se instalaran allí con todos los miembros de la orden mercedaria que habían perdido el templo y su hogar.

Ozamis donó parte de sus terrenos y junto al Padre Vázquez, y los pocos vecinos que residían en la zona, la noche del 31 de marzo de 1861 fundaron la Villa de Maipú, erigiendo un templo para resguardar la imagen de la Virgen que había sobrevivido al terremoto. El actual edificio de la iglesia de La Merced data de 1934.

Por su historia y significado, la Virgen de la Merced fue nombrada Patrona del departamento; declarándose en 1954 el 24 de septiembre de cada año, feriado departamental, día en el que toda la comunidad se da cita en la ciudad para participar de los actos.